جهاددانشگاهی نهادی است عمومی و غیردولتی زیرنظر شورای عالی انقلاب فرهنگی که با هدف فعالیت در حوزه‌های فرهنگ، پژوهش، آموزش و اشتغال در 16 مرداد 1359 تأسیس شد.
این نهاد الهام‌بخش در نواندیشی و پویایی علمی و فرهنگی در جهت نیل به خودباوری و تقویت هویت ایرانی ـ اسلامی فعالیت کرده و با تشخیص چالش‌ها، مسائل و نیازهای کشور، راه‌حل‌های هوشمندانه و تأثیرگذار ارائه می‌دهد.
جهاد دانشگاهی همواره به‌عنوان پلی میان دانشگاه و جامعه بوده و فعالیت‌هایش را در این مسیر طراحی و اجرا کرده است.
جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی مسیر تکامل و توسعه را از شکل‌گیری دفتری کوچک از جهاد دانشگاهی در دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی ـ درمانی شهید بهشتی در دی‌ماه 1367 آغاز کرد و این واحد به دبیری جناب آقای دکتر علی اصغر فرشاد تأسیس گردید.
از سال 1371 تا سال 1377 جناب آقای دکتر محمد مرادی عهده‌دار ریاست این واحد بودند. طی این سال‌ها تمرکز بر امور فرهنگی و پژوهشی واحد منجر به شکل‌گیری ساختارهای فرهنگی و پژوهشی از جمله گروه پژوهشی معرف‌های تشخیص طبی و اجرای طرح‌های بزرگی نظیر تولید کیت‌های تست قند خون، کیت‌های بیوشیمیایی 6 پارامتری (نوار ادرار) و سایر کیت‌های مختلف تشخیص آزمایشگاهی گردید. همچنین ساخت و تجهیز موسسه معرف‌های تشخیص طبی از دیگر فعالیت‌های علمی و تولیدی شاخص در این دوره بود.
در سال 1377 جناب آقای دکتر محمدمهدی احمدآخوندی ریاست این واحد را عهده‌دار گردید و تا سال 1384 در این سمت حضور داشت. طی این دوره فعالیت‌های واحد انسجام ویژه‌ای پیدا کرد؛ از جمله می‌توان به تشکیل شورای آموزش جهت تقویت برنامه‌های آموزشی و نیز تقویت زیرساخت‌های پژوهشی و توسعه گروه‌های پژوهشی که منجر به تأسیس پژوهشکده ابن‌سینا در سال 1378 شد، اشاره کرد. در طی این دوره تمرکز بر روی توسعه و ارتقاء فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی و درمانی ادامه داشت؛ به‌نحوری که در تیرماه 1378 پژوهشکده ابن‌سینا به‌عنوان مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی تولیدمثل به تصویب شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نیز رسید. فعالیت‌های این مجموعه از ابتدا بر ابعاد مختلف باروری مانند ایمونولوژی، ژنتیک، عفونت‌ها و غدد تولیدمثل و جنبه‌های اخلاقی و حقوقی باروری متمرکز بود و از نخستین سال‌های شکل‌گیری، تلاش شد با بهره‌مندی از زیرساخت‌های قوی آموزشی ایجاد شده در واحد، نسبت به برگزاری سمینارهای بین‌رشته‌ای کشوری اقدام گردد تا متخصصان و صاحب‌نظران رشته‌های مختلف به پژوهش در این زمینه ترغیب شوند. پژوهش‌های متعدد و موفق گروه ایمونولوژی تولیدمثل دربارۀ موضوعاتی همچون واکنش سیستم ایمنی بدن نسبت به اسپرم و جنین، آنتی‌بادی‌ها و سقط مکرر، موجب شد مرکز تحقیقات آنتی‌بادی مونوکلونال شکل بگیرد که در سال 1379 این مرکز نیز به تصویب شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی رسید. در سال 1384 با توجه به اهمیت یافتن نانوتکنولوژی و نانوبیوتکنولوژی در سیاست‌گذاری علمی و پژوهشی کشور، تأسیس مرکز تحقیقات نانوبیوتکنولوژی به وزارت بهداشت پیشنهاد شد که این مرکز نیز در شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی به تصویب رسید. با گسترش موفقیت‌آمیز پژوهش‌ها در زمینه‌های مختلف علوم و فناوری‌های تولیدمثل، در سال 1382 زمان تحقق چشم‌انداز اصلی فعالیت‌ها یعنی کاربردی کردن دستاوردهای پژوهشی در حوزه درمان فرا رسید و از این رو، مرکز فوق تخصصی درمان ناباروری و سقط مکرر ابن‌سینا تأسیس شد. این مرکز با پشتوانه پژوهش‌ها و نوآوری‌های پژوهشکده و در قالب چهار کلینیک (کلینیک زنان، کلینیک مردان، کلینیک سقط مکرر، کلینیک درمان‌های جایگزین) فعالیت خود را آغاز نمود. پس از توسعه موفقیت‌آمیز فعالیت‌های تخصصی و فوق‌تخصصی مرتبط با تولیدمثل در پژوهشکده ابن‌سینا، بر اساس تصمیم ریاست وقت واحد و موافقت دفتر مرکزی جهاد دانشگاهی، پژوهشکده ابن‌سینا از جهاد دانشگاهی علوم پزشکی منفک شد تا مسیر توسعه و ارتقاء بیشتر را با ریاست جناب آقای دکتر محمدمهدی احمدآخوندی به‌طور مستقل از واحد ادامه دهد.
از سال 1384 پس از گذشت مدت زمانی از جدایی و استقلال فعالیت‌های پژوهشکده ابن‌سینا از جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی، جناب آقای علی‌اصغر هدایتی که از سال 1378 به‌عنوان معاون فرهنگی در این واحد حضور داشت، مسئولیت ریاست واحد را عهده‌دار شد. در این دوره با توجه به استقلال پژوهشکده ابن‌سینا از جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی، از یک‌سو به‌دلیل تفکیک زیرساخت‌های پژوهشی موجود در قالب پژوهشکده اعم از زیرساخت‌های سخت‌افزاری (آزمایشگاه، تجهیزات و …)، فردافزاری (اعضای هیأت علمی و پژوهشگران) و …، و از سوی دیگر تخصص و سابقه فعالیتی ریاست وقت، فعالیت‌های این دوره جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی بر توسعه و ارتقاء فعالیت‌های فرهنگی و دانشجویی متمرکز گردید که از دستاوردهای مهم این دوره می‌توان به تشکیل اتاق فکر سلامت، برگزاری نشست‌های تخصصی به‌منظور بررسی جنبه‌های فرهنگی موضوعات مختلف حوزه سلامت با حضور صاحب‌نظران حوزه‌های مرتبط، توسعه فعالیت‌های دانشجویی در قالب شعبه خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) در دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، راه‌اندازی مجله آفتاب برای نشر محتوای علمی ـ فرهنگی مرتبط با سلامت و … اشاره نمود.
در سال 1387 جناب آقای دکتر محمد حیدری ریاست این واحد را پذیرفت و تا سال 1390 این مسئولیت را عهده‌دار بود. در این دوره علی‌رغم تلاش‌های بسیاری که برای ایجاد و تقویت فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی که طی سال‌های گذشته کم‌رنگ‌تر شده بود انجام گرفت، توفیق چشم‌گیری حاصل نشد و فعالیت‌های جاری واحد تا حد توان مدیریت و توسعه یافت.
از مهرماه 1390 جناب آقای دکتر علیرضا آزادخانی به ریاست جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی منصوب شد. در این دوره با تلاش‌های صورت پذیرفته در حوزه‌های آموزشی، پژوهشی و فرهنگی، جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی توانست برخی از توانمندی و دستاوردهای گذشته خود را به‌ویژه در حوزه‌های آموزشی و فرهنگی مجدد احیاء نماید. تمرکز بر حوزه سلامت سالمندی در این دوره، منجر به اجرای طرح‌های پژوهشی کارفرمایی در حوزه‌های مرتبط و نیز راه‌اندازی مرکزی برای نگهداری و مراقبت از سالمندان در منطقه 1 تهران شد.
از بهمن‌ماه 1395 جناب آقای دکتر علیرضا بهرامی به ریاست جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی منصوب شد. در این دوره نیز فعالیت‌های آموزشی به‌نحو شایسته‌ای توسعه یافت و تلاش شد تا ساختارهای پژوهشی که طی سال‌های گذشته تا حد توان مدیران وقت ایجاد شده بود، توسعه یابد. در این دوره علاوه بر ادامه فعالیت‌های پژوهشی در زمینه سلامت سالمند، محور جدیدی از فعالیت‌های پژوهشی به‌عنوان اولویت‌های واحد تعیین شد و اقداماتی در زمینه ایجاد و تلاش برای توسعه آن نیز صورت پذیرفت که از آن میان می‌توان به مواردی چون آغاز فعالیت‌های پژوهشی در موضوع سلامت روان سالمندی، ایجاد مرکز خدمات تخصصی سلامت روان، راه‌اندازی مرکز درمان در منزل امداد، تلاش جهت ایجاد ساختاری برای فعالیت در زمینه گردشگری سلامت (توریسم‌درمانی)، و اخذ چندین مجوز قانونی برای آغاز فعالیت در حوزه‌های مشاوره، کارآفرینی و … اشاره نمود. یکی از توفیقات این دوره، طراحی و راه‌اندازی دوره آموزشی در زمینه کارآفرینی در حوزه سلامت با عنوان Health-MBA ویژه مدیران مراکز بهداشتی ـ درمانی و نیز دانشجویان حوزه سلامت بود. همچنین راه‌اندازی شعبه ستفا (سازمان تجاری‌سازی فناوری و اشتغال دانش بنیان) جهاد دانشگاهی، راه‌اندازی شعبه صندوق قرض‌الحسنه دانشجویان، احیاء و آغاز فعالیت مجدد شعبه خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) در حوزه سلامت، تعامل با یکی از بیمارستان‌های منطقه 1 تهران برای راه‌اندازی و فعالیت کلینیک‌های تخصصی مورد نیاز آن مجموعه، از فعالیت‌های شاخص این دوره است.
از آذر ماه سال 1399 جناب آقای دکتر حمید حمزه‌زاده مسئولیت ریاست جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی را بر عهده دارند. در این دوره تلاش است با شناسایی زیرساخت‌ها و توانمندی‌های موجود در جهاد دانشگاهی علوم پزشکی شهید بهشتی که حاصل فعالیت صادقانه همکاران گذشته در این واحد بوده است و تمرکز بر دو اولویت اصلی؛ (1) سلامت سالمندی و (2) سلامت، ایمنی، امنیت، محیط زیست و مدیریت خطر (HSSE & DRM) و تقویت زیرساخت‌های سخت‌افزاری، نرم‌افزاری و فردافزاری مورد نیاز در این دو حوزه، با تعمیق فعالیت‌های مدنظر، اقدامات شایسته و اثربخشی در زمینه‌های آموزش و کارآفرینی، پژوهش و فناوری، نوآوری و اشتغال دانش‌بنیان، فرهنگی و اجتماعی، صورت پذیرد. همچنین یکی از اولویت‌های این دوره، توسعه فعالیت‌های دانشجویی و بهره‌مندی بیش از پیش از نیروی انسانی نخبه و استعدادهای برتر دانشگاهی است؛ در همین راستا، فعالیت‌های ارزنده‌ای در زمینه احیاء شعبه سازمان دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی و جذب نخبگان و دانشجویان برتز دانشگاهی برای توسعه فعالیت‌های مرتبط صورت پذیرفته است.
این واحد بر آن است تا در راستای ارتقای سلامت جامعه و با تمرکز بر مسئله مهم و حیاتی بحران جمعیتی کشور و با شعار سالمند سالم، سالمند فعال و سالمند خودمراقب با اجرای طرح‌های جامع پایش، پیشگیری و ارتقاء سلامت، بتواند در حوزه ارائه خدمات تشخیصی، درمانی و مراقبتی در زمینه سلامت سالمندی از مراکز برتر پژوهشی، آموزشی، فرهنگی و خدمات تخصصی جهاد دانشگاهی در سطح کشور باشد.